1944. Au Gabon, le docteur Schweitzer a installé un hôpital à Lambaréné sur le fleuve Ogooué. Malgré l'éminence de la fin de la guerre en Europe, la pénurie de médicaments se fait durement sentir et contraint "Le Docteur" à traiter avec le sorcier local afin d'obtenir un remède. Le jeune Koumba admire le docteur et veut devenir médecin comme lui. Un jour, des soldats partis se battre pour la France reviennent sur des pirogues chargées de médicaments. L'un deux fomente une révolte contre l'autorité des blancs et prépare la reprise de l'hôpital par Koumba, parti en France étudier la médecine et le droit. En 1960, le Gabon fête son indépendance. De retour au pays, Koumba est élu député mais une opposition s'est jointe à l'admiration qu'il porte au docteur. Enfin libéré du colonialisme, le peuple doit s'émanciper et profite alors chaque jour un peu plus de son indépendance. Après l'incendie criminel de son établissement, le Dr Schweitzer sent sa fin approcher. Il demande à son "petit Koumba" d'organiser ses obsèques. Le jeune homme respecte au moment venu cette ultime volonté et se montre perplexe devant le cercueil du Grand Blanc de Lambaréné.