Une vague de vols mystérieux balaye New York. La journaliste April O'Neil soupçonne « Le Pied », organisation secrète japonaise, et s'en prend violemment à la police dans ses émissions de télévision. Attaquée par un groupe de Ninjas patibulaires, elle est sauvée par Raphaël, tortue Ninja, qui la conduit auprès de son vieux maître Splinter et de ses frères, Michelangelo, Leonardo et Donatello. Splinter, vieux rat sage et féru d'arts martiaux lui révèle l'origine de leur mutation. Touchés par un liquide radio-actif, ils sont devenus humanoïdes, se sont initiés à l'art du Ninjitsu et ont trouvé refuge dans les égouts de la ville. April invite les Tortues à déguster une pizza, leur nourriture préférée. A leur retour, les frères découvrent que Splinter a été enlevé. Ils sont alors attaqués par « Le Pied ». Casey Jones, un séduisant aventurier, vient à la rescousse mais le petit groupe est obligé de s'enfuir et de se mettre au vert avec Raphaël, blessé. Après avoir reçu un message télépathique de Splinter, les Tortues rentrent en ville. Casey suit Danny, le fils du patron d'April qui a été enrôlé par « Le Pied » et libère Splinter. Les Tortues affrontent victorieusement les Ninjas du « Pied », adolescents criminels, avant d'être confronté à Shredder, leur chef. C'est Splinter qui vient à bout de ce guerrier accompli qui a autrefois assassiné son maître japonais.