Dans un salon de tatouage, un ninja massacre une bande de yakuzas. ì Berlin, Mika Coretti, un agent d'Europol, s'intéresse à ce crime, qu'elle relie à l'assassinat d'un ministre russe. Elle persuade son collègue Ryan Maslow de la pertinence de ses craintes envers les ninjas et ils commencent à enquêter sur les Neuf Clans. De son côté, Raizo se rappelle comment il fut accueilli au sein du clan Onuzu où, dès son plus jeune âge, il fut durement formé pour devenir un ninja insensible à la douleur. Sur des bandes de caméras de surveillance Mika découvre que Raizo a rencontré un agent du KGB, tué par des ninjas. Raizo entre en contact avec Mika et lui explique que le clan Onuzu les recherche. Ils fuient Berlin. Raizo se souvient des punitions de son maître et de son affection pour Kiriko. Une nuit, celle-ci avait tenté de fuir, n'acceptant plus la cruauté de l'entraînement. Rattrapée, elle avait été exécutée. Raizo et Mika se réfugient dans un motel mais sont retrouvés par des agents d'Europol, qui enferment Raizo dans leur QG secret. Le clan Onuzu les retrouve et massacre les agents, mais Mika et Raizo, qui est blessé, parviennent à se réfugier dans le motel. Plus jeune, Raizo avait été chargé de tuer un ministre russe, mais il avait refusé d'exécuter la jeune fugueuse du clan et, considéré comme un traître, il avait dû fuir à son tour. Raizo et Europol affrontent les ninjas dans leur fief. Raizo tue son maître.