Hedwig, mystérieuse rockeuse travestie, se produit dans un petit bar d'un quartier populaire d'une ville américaine. Devant une clientèle sidérée, elle chante son enfance de petit garçon, fils d'un GI américain en Allemagne de l'Est. Les attouchements que son père lui a fait subir. Ses premières sensations musicales, la tête dans le four de la cuisine de sa mère. Hedwig et son orchestre, les Angry Inch, suivent un parcours chaotique de pubs minables en scènes désertées. Au travers de ses textes, Hedwig conte l'histoire de sa vie. Pour épouser un autre beau GI séduit par son androgynie, Hedwig accepte une opération qui échoue lamentablement. Son mari l'abandonne vite. Elle se prostitue puis tente de retrouver une vie normale. C'est en baby-sitter sexy qu'elle fait la connaissance d'un adolescent tourmenté, Tommy, fils de bonne famille qui rêve d'une carrière musicale. Ils deviennent amants, confidents. Hedwig l'éduque, lui crée un look et lui écrit un répertoire. Ainsi naît Tommy Gnosis, star adulée qui s'empresse de renier son Pygmalion. En coulisse de la tournée triomphale de Tommy, Hedwig tente de renouer un contact avec lui. Son groupe, démotivé, se dissout et Hedwig est contrainte à regagner le trottoir. Où, un soir, Tommy la retrouve. Le temps d'une nouvelle étreinte et d'un boeuf musical. Hedwig est prêt à s'assumer tel qu'en lui-même.