Tout au fond de la mer, on découvre un temple érigé par Alexandre le Grand. Lara Croft se rend sur les lieux, et trouve vite ce qu'elle cherche : un globe lumineux. Mais des Chinois débarquent, et lui dérobent le globe. De retour dans son manoir, l'aventurière reçoit la visite d'émissaires du MI6, qui lui apprennent l'identité de ses voleurs : des membres de la mafia chinoise, mandatés par un scientifique corrompu, trafiquant d'armes biologiques, le Dr. Reiss. Le globe est en fait une carte, indiquant l'endroit où est cachée la célèbre boîte de Pandore, qui contient l'anti-vie absolue, le pire fléau sur terre. Lara obtient que Terry Sheridan, ex-agent du MI6 (et ancien amant de la belle) soit libéré, afin de la seconder. Les voici en Chine. Lara tape quelques mafieux, et localise Reiss. Elle récupère son globe. Mais Reiss se rend au manoir, assiste au décryptage de la carte, et enlève les deux complices de Lara. La boîte de Pandore est en Afrique. Tout le monde se retrouve donc là-bas. Lara est contrainte par la force à conduire Reiss jusqu'à la boîte. Celle-ci flotte dans un bain d'acide : Lara pousse Reiss dedans. Mais Terry, conscient du potentiel commercial de la boîte, veut à tout prix l'emmener. Lara sera obligée d'éliminer son amant pour que la boîte de Pandore reste dans son sanctuaire, sous la protection d'une tribu africaine.