Un homme est repêché par des pêcheurs. Il est amnésique, mais sur sa peau est tatoué le numéro d'un compte à Zurich. En route pour la Suisse, il s'aperçoit qu'il possède des aptitudes au combat et maîtrise de nombreuses langues. En ouvrant son coffre, il trouve des armes à feu, beaucoup d'argent et plusieurs passeports lui appartenant, et portant tous un nom et une nationalité différents. ì Washington, Ted Conklin de la CIA l'identifie comme étant Jason Bourne, un de ses meilleurs agents dont il avait perdu la trace. Jason se retrouve rapidement poursuivi mais échappe à l'arrestation en obtenant d'une jeune paumée, Marie Kreutz, qu'elle le conduise à Paris. Là, à l'adresse inscrite sur le passeport, Jason et Marie trouvent quelques indices mais échappent de peu à un tueur. Commence une course-poursuite entre les hommes de Conklin et Jason, pressé de savoir qui il est. Jason et Marie, épris l'un de l'autre, se réfugient chez un ami à elle en province. Mais un tueur les retrouve. Jason le tue, demande à Marie de fuir et parvient à rentrer en contact avec Conklin. Il lui tend un piège à Paris. En se confrontant à Conklin, Jason revit le moment où il a renoncé à son métier d'agent-tueur durant la mission en pleine mer où il a failli mourir. Après l'élimination de Conklin, Jason retrouve Marie sur une île méditerranéenne.