Les hommes sauvés de la Matrice sont réfugiés dans la cité souterraine de Zion. Pour les détruire, des machines creusent sous la terre vers l'immense grotte-refuge. Morpheus et Neo attendent un signe de l'Oracle qui leur donnera la voie. Enfin, l'Oracle se manifeste. Neo comprend qu'une erreur de programme de la Matrice a engendré l'Oracle. Neo reçoit la mission de retrouver le Maître des Clés, prisonnier d'un programme : le Mérovingien. Aussitôt après le départ de l'Oracle, arrivent des dizaines de Mr Smith qui affrontent Néo. La rencontre a lieu avec le Mérovingien. C'est Persephone, sa femme, qui livre le Maître des Clés à Morpheus et Trinity, les compagnons de Néo. S'ensuit une poursuite en voitures entre les jumeaux, sbires du Mérovingien, et le trio salvateur. Le Maître des Clés permet à Neo de rejoindre la Source qui, détruite, sonnerait le glas pour la Matrice. C'est là que Neo rencontre l'Architecte, celui qui a créé la Matrice et qui lui explique qu'ils vivent sous la sixième version de la Matrice et que l'�0lu a pour mission de détruire la Source, ce qui permet de redémarrer une nouvelle Matrice. L'�0lu est programmé et nécessaire à l'évolution du système. Neo décide de détruire la Source. Il sauve Zion, mais il a permis la naissance d'une nouvelle Matrice. Comment cela va-t-il finir. ì suivre...