Après un violent combat, Godzilla est enfermé par l'armée dans la glace du pôle Nord. Des années plus tard, les mutants de la force M continuent de se battre contre les multiples monstres géants qui attaquent la planète. Mais, un jour, débarquent des extraterrestres, se présentant comme des amis des Terriens. Pour prouver leur bonne foi, ils neutralisent tous les monstres. Les humains sont reconnaissants, mais Ozaki, un des mutants de la force M, reste dubitatif. Avec plusieurs amis, ils détournent une émission en direct, où ils réussissent à montrer le vrai visage, non humain et agressif, des visiteurs. Démasqués, ces derniers libèrent tous les monstres qui dévastent le globe. Ozaki fait alors appel au Capitaine, un intraitable américain de la Force M, qui était suspendu. Ce dernier décide d'aller réveiller Godzilla. De nouveau en forme, le monstre passe à l'action et attaque tous ses congénères, aidés par Mothra, la mite géante. Il les bat tous. Le fils de Godzilla est aussi réveillé et protégé par un enfant japonais. Le Capitaine et Ozaki arrivent à la base des Aliens, et y pénètrent. Ozaki apprend alors qu'il est un mutant spécial, semblable aux extraterrestres, et capable de les défaire. Après leur victoire, tous se retrouvent devant un Godzilla déchaîné. Mais l'intervention pacifiste de son fils calme ce dernier, qui décide de se retirer.