Vingt ans dans le passé : Charles Xavier et Eric Lehnsherr, alors alliés, recueillent l'extraordinairement puissante Jean Grey. Dans le présent, les X-Men apprennent qu'une organisation a synthétisé un vaccin, permettant de "guérir" les mutants de leurs pouvoirs. Hank McCoy, ministre de la condition mutante auprès du Président, vient prévenir les X-Men. Scott Summers, bouleversé depuis la mort de Jean, se rend sur les lieux de son décès. Il y entend la voix de la morte, et la découvre, surgissant des flots. Logan et Tornade arrivent à leur tour. Ils trouvent Jean évanouie, mais Scott a disparu. Xavier révèle à Logan qu'il avait installé dans l'esprit de Jean des barrières, pour contrer un pouvoir incontrôlable, créant ainsi une personnalité schizophrène, Phénix. Jean se réveille, et Logan comprend qu'elle a tué Scott. Elle s'enfuit, puis est retrouvée chez elle par Xavier et Magneto, qui lève sa petite armée pour combattre le vaccin. Dans une crise de colère, Phénix tue Xavier et s'enfuit avec Magneto et ses disciples. Ce dernier s'apprête à attaquer l'hôpital qui fabrique le produit. Logan rallie des X-Men éplorés, pour défendre le centre contre Magneto. Le combat est terrible, et aboutit à un face-à-face entre Phénix et Logan, où ce dernier lui rappelle qu'il l'aime. Redevenue temporairement Jean, elle l'implore alors de la tuer, ce qu'il fait. Le vaccin est détruit et l'école reprise par Tornade.