Madrid, 1792. L'Inquisition connaît un regain d'activité. Après avoir vu des estampes satiriques de Goya qui circulent dans la rue, le Frère Lorenzo propose de former des groupes de laïcs chargés de dépister les hérétiques de tout genre. Goya, alors peintre du Roi, partage son talent entre portraits officiels et gravures acides. La jeune Inès, ravissante fille d'un riche marchand, est son modèle préféré. Elle est entendue, torturée et emprisonnée par le Saint Office sur dénonciation de judaïté. Grâce à Goya, qui fait le portrait de Lorenzo, le père d'Inès contraint physiquement l'Inquisiteur à signer une déclaration où il avoue être un singe et avoir abusé son ordre religieux. Lorenzo doit fuir le pays. Quand, quinze ans plus tard, Napoléon envahit l'Espagne, dans une sanglante conquête dont Goya se fera le témoin, Lorenzo, acquis aux idées révolutionnaires, revient avec les vainqueurs. Les geôles de l'Inquisition sont ouvertes. Inès en sort, délabrée, à demi folle, avec pour seule obsession de retrouver sa fille, fruit du viol de Lorenzo. Elle cherche secours auprès de Goya, devenu sourd. Lorenzo nie cette paternité. Il fait interner Inès. Goya la sauve, puis retrouve sa fille Alicia, prostituée, qu'il envoie en exil. Mais Wellington chasse les Français et restaure la monarchie espagnole. Lorenzo est garrotté en place publique, tandis qu'Inès brandit un bébé trouvé, et qu'Alicia, dont la route a croisé celle de Wellington, assiste d'un balcon à la mort de son père inconnu.