Les humains ont découvert l'existence des vampires et des Lycans, et ont décidé de les éliminer. La vampire Selene et son amoureux Michael, un hybride, tentent de fuir. Ils sont neutralisés dans le port. Selene se réveille d'une cryogénisation dans le laboratoire de la compagnie Antigen. Elle découvre qu'un autre prisonnier vient de s'enfuir. L'enquêteur Sebastian est chargé de l'affaire. Selene apprend que douze ans ont passé pendant son sommeil... En cherchant Michael, elle rencontre David, un autre vampire. Ensemble, ils sauvent une fillette d'une attaque des Lycans et rejoignent le QG des vampires. Selene découvre que la fillette, Eve, est sa propre fille, et l'autre prisonnier évadé. Thomas, le père de David, voit d'un mauvais oeil l'arrivée de Selene et d'Eve dans son clan. Le QG est attaqué par des Lycans, qui emportent Eve, persuadés qu'elle a des pouvoirs extraordinaires. Selene va trouver Sebastian. Ils réalisent qu'Antigen est à l'origine de la recrudescence de Lycans. Le professeur Jacob Lane utilise l'ADN d'Eve pour créer des Lycans surpuissants. Son propre fils lui sert de cobaye. Lane s'apprête à opérer Eve, décidé à faire se reproduire son fils avec elle. Selene et Sebastian s'introduisent dans le laboratoire et y combattent les Lycans. Avec l'aide d'Eve et de David, ils les éliminent. Pendant ce temps un troisième prisonnier se libère : Michael...