Thomas, un adolescent amnésique, est introduit dans le "bloc", une clairière bordée de murs. De jeunes hommes, amnésiques eux aussi, les "blocards", vivent là. Thomas se lie d'amitié avec Alby, Newt et Chuck. Il s'approche d'une ouverture dans le bloc, mais est repoussé par Garry avant sa fermeture nocturne. Newt parle à Thomas de Minho, un "coureur", voué à explorer et mémoriser le labyrinthe entourant le bloc. Thomas est agressé par Ben, qui a subi une transformation due à la piqûre d'un "Griffeur", créatures qui parcourent le labyrinthe durant la nuit. Ben banni, Alby et Minho explorent le labyrinthe, mais Alby se fait piquer à son tour. La porte se ferme, mais Thomas les secourt. Ils survivent en tuant un Griffeur.Teresa est introduite dans le bloc. Elle possède deux seringues. Thomas traite Alby avec l'une d'elles. Thomas et Minho découvrent une nouvelle zone dans le labyrinthe. Alby, guéri, a retrouvé la mémoire. La nuit, les Griffeurs envahissent le bloc. Alby se sacrifie. Thomas s'injecte le poison d'un Griffeur. ì son réveil, il a retrouvé la mémoire : autrefois, il a fait partie des geôliers. Garry tente de sacrifier Teresa et Thomas, qui parviennent à fuir avec leurs amis. Ils atteignent la salle de contrôle et découvrent que leurs geôliers, dirigés par Paige, ont été tués par des opposants, et que les blocards sont des cobayes. Garry menace de tuer Thomas. Chuck se sacrifie, et Minho tue Garry. Les blocards sont évacués par les opposants. Mais Paige a simulé sa mort.