Momo, fillette de 11 ans, quitte Tokyo avec sa mère, Ikuko, pour aller vivre sur une petite île, Shio, où celle-ci a passé son enfance. Un changement de vie qui fait suite à la disparition du père de Momo. A bord du bateau qui les emmène, trois gouttes d'eau magique tombent sur l'épaule de Momo, alors qu'elle relit une lettre inachevée de son père qui s'interrompt après ces quelques mots : «Chère Momo». Arrivée sur l'île où un pont avec l'île voisine sera bientôt inauguré, Momo s'adapte difficilement à ce nouvel environnement où elle ne connaît personne. Elle finit par rencontrer le jeune Yota mais l'impression d'être suivie la met mal à l'aise. Or, ce sont les trois petites gouttes qui la suivent. Ces dernières prennent la forme d'esprits japonais invisibles : les Yokai. Or, Momo a la faculté de les voir. Dès lors, et malgré leur interdiction d'interférer dans le destin des humains, elles vont aider Momo à faire son deuil. Un soir de tempête, Ikuko est prise d'une terrible crise d'asthme tandis que le médecin est bloqué sur l'île voisine. Aidée du facteur, secrètement amoureux d'Ikuko, Momo part chercher de l'aide en empruntant le pont pas encore mis en service. Mais face aux intempéries qui font rage, la mobylette du facteur où Momo a pris place n'avance plus. C'est alors que les gouttes décident de réunir tous les esprits de l'île pour les protéger. Ikuko est sauvée, et Momo dit au revoir aux esprits, en acceptant de faire son deuil.