Dès sa naissance, Khumba, zébreau né avec des rayures en moins, suscite l'inquiétude du troupeau qui, alors que l'eau vient à manquer, y voit un mauvais présage. ì l'abri derrière les épineux, les zèbres sont isolés mais protégés de Pango, un cruel léopard. Quand sa mère meurt, Khumba décide de suivre une carte qu'une mante a tracée pour lui, et dont il espère qu'elle le mènera à la source magique qui lui rendra ses rayures. Il franchit la barrière et se fait attaquer par une meute de fennecs, dont il est sauvé par Mama V, une bufflonne, et Nigel, une autruche, qui décident de l'accompagner.Le trio franchit un barrage humain et est chaleureusement accueilli par les animaux d'une oasis qui s'avère être un spot de safari photo. Tous se serrent les coudes pour échapper à des braconniers. Mama V, Khumba et Nigel continuent, suivis à bonne distance par les autres animaux. Khumba et Nigel escaladent la montagne où ils rencontrent l'aigle noir, qui leur montre le chemin jusqu'à la source qui se révèle être aussi l'antre de Pango. Dans une ferme abandonnée, le trio se retrouve aux prises avec une brebis folle. Quand Mama V montre des signes de fatigue, Khumba continue seul dans la vallée de la désolation où un oryx chamane l'aide à survivre. Il atteint le repaire de Pango et l'affronte. Les animaux assistent de loin à la victoire de Khumba, qui a provoqué un affaissement de la montagne et révélé une source.