Quatre jeunes et téméraires pingouins, Commandant, Kowalski, Rico et Soldat, se lancent à l'assaut de Fort Knox et, s'attaquant à un distributeur de Cracky-from', sont capturés par le docteur Octavius Baigne. Dans son sous-marin, celui-ci rappelle aux pingouins qu'ils furent placés, dans leur prime jeunesse, dans un zoo, concentrant toute la sympathie du public et précipitant Octavius dans l'oubli. Il cherche désormais à se venger des pingouins. Ceux-ci parviennent à s'échapper mais sont interceptés par le vaisseau spatial du Vent du Nord, une organisation protectrice des animaux, dirigée par Agent confidentiel. Octavius les contacte et leur dévoile son terrible plan : kidnapper tous les pingouins du monde.Agent confidentiel, trouvant les quatre pingouins gênants, les met sur la touche. Mais ils s'échappent et atterrissent à Shanghaï ; ils ne parviennent pas à empêcher l'enlèvement des pingouins du zoo local et Soldat est fait prisonnier. Commandant, Kowalski et Rico s'allient au Vent du Nord et prennent d'assaut la base d'Octavius. L'attaque tourne à leur désavantage et les trois pingouins sont capturés, tandis que Soldat parvient à se libérer. Octavius transforme tous les pingouins en monstres, grâce à une machine diabolique, puis les libère, provoquant la terreur des passants. Soldat, assisté du Vent du Nord, parvient à pirater la machine et à rendre aux pingouins leur apparence normale. Octavius finit miniaturisé dans une boule à neige.