Naruto a grandi dans le village de Konoha, sans famille, et presque sans amis. Il attire cependant l'attention de la petite Hinata. En effet, il est le seul à la défendre contre les moqueries des autres élèves. Car Hinata est spéciale : elle possède le Byakugan, pouvoir se caractérisant par une vue hors du commun et des yeux de couleur blanche, source de moqueries. Au fil des années, l'amour d'Hinata pour Naruto ne fait que croître, mais sa timidité l'empêche de se déclarer. Devenu un jeune adulte, Naruto est désormais adulé par les jeunes filles du village : il est en passe de devenir Hokage, "maître ninja". Parallèlement, le conseil des Kage, les hauts dirigeants des villages, se réunit en urgence car la Terre est en danger. La Lune semble se désagréger et se rapprocher de la planète, menaçant de la détruire. Le compte à rebours est lancé pour sauver la Terre, bien que nul ne sache qui se cache derrière ces événements. Naruto et son équipe de ninjas sont envoyés pour trouver une solution. Ils découvrent bientôt l'identité de leur ennemi : Toneri, descendant d'un clan rival, qui souhaite non seulement détruire le monde des ninjas, mais aussi s'emparer de Hinata pour l'épouser. Dans ce but, il kidnappe la soeur de celle-ci. Hinata se rend à Toneri, au moment même où Naruto lui révèle enfin son amour. Au cours des nombreuses batailles qui s'engagent, Naruto parvient à défaire Toneri, et à sauver la planète, ainsi que sa promise.