L'île d'Isla Nublar. Dix ans après l'ouverture de Jurassic World, le parc à thème du milliardaire Simon Masrani a "commandé" une nouvelle attraction à la société InGen : un dinosaure génétiquement modifié, l'Indominus Rex. Claire Dearing doit superviser les travaux de l'enclos de la créature, alors que ses neveux, Zach et Gray, viennent visiter le parc. ì la demande de Masrani, Claire demande conseil à Owen Grady, le dresseur des vélociraptors du parc. Ce dernier s'oppose à Vic Hoskins, le chef de la sécurité d'InGen, qui rêve d'employer les raptors à des fins militaires. Lorsqu'Owen va observer l'enclos de l'Indominus, ce dernier s'échappe... Claire fait isoler la partie nord du parc, puis part à la recherche de Zach et Gray. Owen l'accompagne. Mais l'Indominus élimine une unité d'intervention, puis attaque Zach et Gray, avant de se diriger vers le sud, où les visiteurs attendent leur évacuation. L'hélicoptère de Masrani s'écrase dans la volière des ptérodactyles qui, libérés, sèment la terreur. Claire et Owen retrouvent Zach et Gray sains et saufs. Owen accepte la proposition d'Hoskins et utilise les raptors pour traquer l'Indominus. Or, ce dernier est capable de communiquer avec eux, et les raptors déciment l'équipe d'Hoskins. Owen, Claire, Zach et Gray s'échappent et atteignent le centre des visiteurs, alors que l'évacuation se termine. L'Indominus les a suivis. Claire libère le tyrannosaure, qui s'allie avec un raptor pour terrasser l'Indominus. Owen, Claire, Zach et Gray sont évacués.