Le Clerq, président du Syndicat, bien protégé dans son QG de Singapour, veut réactiver la programmation, initiée par Litvenko, d'hommes-machines destinés à constituer une armée à sa botte. Diana, de l'Agence, envoie l'agent 47, l'un de ses tueurs, pour empêcher cela. Mais Litvenko reste introuvable. ì Berlin, sa fille, Katia, depuis vingt ans sur le qui-vive, est à sa recherche. Le Syndicat la surveille, espérant mettre ainsi la main sur le savant. L'agent John Smith, dont la peau en titane résiste aux balles, aide Katia à fuir 47. Mais 47 neutralise Smith et convainc Katia qui, en tant que n° 90, est encore plus performante que lui, grâce notamment à sa prescience des dangers. Ne sont-ils pas tous deux des créatures de Litvenko ? Après avoir échappé à leurs ennemis à l'ambassade américaine puis dans une usine, ils partent à Singapour, où Katia a deviné la présence de son père, amateur d'orchidées. Là, ils essayent d'éviter les caméras de surveillance du Syndicat. Ils retrouvent enfin Litvenko. Katia accuse son père de l'avoir modifiée et abandonnée. Attaqués par Smith, ils s'enfuient tous les trois par les parkings souterrains mais se font arrêter en centre-ville par le Syndicat. 47 et Katia s'échappent du QG et tendent un piège au président : après avoir vainement essayé d'obtenir la coopération de Litvenko, Le Clerq s'enfuit avec son prisonnier, mais l'hélicoptère du Syndicat explose en vol. 47 a réussi sa mission. 48 vient donc l'assassiner.