Après avoir été sauvés de leur labyrinthe, Thomas et ses amis sont accueillis par un prénommé Janson dans une ville souterraine. Thomas s'aperçoit que cette base est sous le contrôle de l'entreprise Wicked (à l'origine des labyrinthes). ì l'aide d'Aris, un autre adolescent, il découvre les activités suspectes de cette société et comprend que ses amis et lui sont recherchés à la fois par Wicked et le Bras droit, une organisation dissidente, du fait de leur immunité aux zombies, qui déciment la population. Thomas convainc ses amis, dont Teresa, de partir à la recherche du Bras droit. Le groupe s'enfuit et traverse la Terre brûlée pour rejoindre les montagnes où se trouve l'organisation. Lors d'une tempête de sable, ils se réfugient auprès d'une base contrôlée par Jorge et sa fille, Brenda, où vivent des survivants. Wicked essaie alors d'attaquer la base pour les capturer, sans succès. Jorge annonce au groupe qu'il connaît un homme susceptible de les conduire au Bras droit, Marcus. Après avoir retrouvé Marcus, le groupe se dirige dans les montagnes et parvient à retrouver le campement du Bras droit. Thomas, qui est amnésique, apprend qu'il était en réalité l'infiltré du Bras droit au sein de Wicked. Teresa, manipulée depuis le début par Wicked, indique à celle-ci sa position. Wicked attaque alors le campement et capture Minho, un des adolescents du groupe. Après l'attaque, Thomas convainc le groupe de partir à sa recherche.