Jeanine est morte et les factions de Chicago ont été dissoutes. Alors qu'Evelyn et Johanna se disputent sur le sort à accorder aux �0rudits prisonniers, Beatrice et Tobias montent un plan pour franchir l'enceinte de la ville. Ils sauvent Caleb, le frère de Tris, et embarquent Peter, Christina et Tori. Ils parviennent à franchir le mur, mais Tori est tuée par Edgar, lancé à leur poursuite. Ils cheminent dans des paysages dévastés et irradiés, la Marge. Alors qu'Edgar est sur le point de les tuer, ils sont secourus par des personnes vivant dans une dimension parallèle. Les jeunes gens sont conduits au Bureau du bien-être génétique, sur le site d'un ancien aéroport, où ils sont décontaminés. Tris est emmenée auprès de David, le chef du Bureau, qui lui explique que, contrairement à ses amis, déficients, elle est pure, et qu'il a sauvé sa mère lorsqu'elle était enfant, avant qu'elle ne parte pour Chicago. Il l'examine et la prend sous son aile. Peter et Caleb deviennent surveillants à distance de Chicago, tandis que Christina et Tobias suivent une formation de soldats. Mais Tobias est de plus en plus sceptique vis-à-vis de David. Il découvre que le Bureau enlève des enfants de la Marge à leurs parents. Il convainc Tris de retourner à Chicago, où une guerre se prépare. David s'adjoint Peter. Ce dernier tue Evelyn, qui allait changer de camp, et répand sur la ville un gaz qui ôte tout souvenir. Tris et Tobias parviennent in extremis à arrêter le processus.