En piratant le serveur de la CIA, Nicky Parsons découvre que le père de Jason Bourne était impliqué dans le programme Treadstone. Robert Dewey, responsable des opérations à la CIA, confie la traque de Bourne et Parsons à son adjointe, Heather Lee, et charge un tueur d'élite, l'Atout, de les neutraliser. Quand Parsons retrouve Bourne à Athènes, tous deux sont pris en chasse par la CIA. L'Atout abat Parsons sous les yeux de Bourne. En parallèle, Aaron Kalloor, magnat des réseaux sociaux ayant accepté de servir les intérêts de la CIA en intégrant à sa nouvelle application un programme de surveillance globalisée, commence à avoir des états d'âme... Lorsque Jason veut rencontrer Malcolm Smith, ancien cadre de la CIA, pour lui soutirer des précisions sur son recrutement, Lee convainc le directeur adjoint de l'agence de l'autoriser à négocier avec Bourne. Mais Dewey fait abattre les équipes de Lee par l'Atout, qui manque de tuer Bourne. Avant d'être abattu, Smith a eu le temps d'innocenter le père de Bourne. Cherchant à se débarrasser de Dewey, Lee aide Bourne à se rendre à Las Vegas, où Dewey, Kalloor et elle-même vont participer à une conférence. Kalloor s'apprêtant à y dénoncer les méthodes de la CIA, et Lee l'ayant trahi, Dewey ordonne à l'Atout de les abattre. Bourne intervient à temps. Alors que Dewey s'apprête à tuer Bourne, Lee surgit et l'élimine. Puis Bourne poursuit l'Atout et le tue. Quelque temps plus tard. Lee s'efforce de convaincre Bourne de réintégrer l'agence, mais ses manoeuvres échouent.