Japon, dans le futur. Le docteur Ouelet apprend au Major qu'à la suite d'un très grave accident, son cerveau a été transplanté dans un robot doté de capacités cybernétiques hors du commun. Un an plus tard, devenue agent à la tête de mercenaires d'élite chargés de mettre les criminels hors d'état de nuire, le Major doit affronter une menace d'un genre nouveau : un criminel, baptisé Kuze, lui aussi doté de pouvoirs cybernétiques extraordinaires, capable de reprogrammer les esprits et de les contrôler à distance... Mais Kuze apprend au Major que sa vie n'a pas été sauvée... mais volée. En quête de vérité, le Major se voit remettre par Kuze un porte-clés indiquant une adresse postale. Là-bas, elle rencontre une femme esseulée dont la fille, Motoko, est morte un an auparavant. Le Major comprend qu'elle est cette jeune fille et qu'on a reprogrammé son cerveau. Le docteur Ouelet lui confirme que l'entreprise qui dirige les mercenaires a démembré les corps de centaines de personnes pour mener à bien ses expérimentations et que Kuze et Motoko étaient deux activistes luttant contre la robotisation de la société. Ayant vent de cette révélation, le patron de l'entreprise, Cutter, fait tuer Ouelet et fait passer le Major pour l'assassin. La firme envoie un gigantesque robot à la poursuite de Kuze, qui a rejoint le Major. Kuze meurt, mais le Major défait le robot. Aidée d'autres membres de son unité, elle fait tomber la firme en révélant au grand jour ses pratiques.