Dans la forêt, César et son clan sont attaqués par des militaires. Après les avoir vaincus, le clan capture un groupe de soldats qui révèlent appartenir à la faction Alpha Omega, dirigée par celui qu'ils appellent le Colonel. César décide de mettre le clan à l'abri, dans le désert. Le départ est décidé pour le lendemain, mais durant la nuit, le Colonel, informé de leur emplacement par Winter, un membre du clan, tue la femme de César et son fils Blue Eyes. Le clan se met en route vers le désert tandis que César, accompagné de ses lieutenants Maurice, Rocket et Luca, part pour le camp des Alpha Omega. Ils croisent une fillette muette qu'ils décident d'emmener avec eux et un singe, Bad Ape, qui les mène jusqu'au camp du Colonel. Attaqué par un groupe de soldats, Luca est tué. César décide de poursuivre seul. Il est capturé par l'un des singes des Alpha Omega et découvre que les membres de son clan ont aussi été fait prisonniers. Le Colonel explique à César qu'un virus propagé par les singes fait régresser les humains à un stade primitif et qu'il s'est retranché dans son camp, pourchassé par des forces militaires rivales qui l'accusent de tuer les humains infectés. Grâce à un tunnel, les singes s'évadent et le Colonel, infecté par le virus, se suicide au moment où un groupe de militaires attaque le camp. Blessé, César parvient à s'échapper grâce à une avalanche qui ravage le camp. Il meurt alors que son clan arrive enfin dans le désert.