Les Yo-kai, de gentils esprits, vivent au milieu des humains sans que ceux-ci ne puissent les voir, excepté le jeune Nathan qui, grâce à sa yo-kai watch, une montre magique, peut les détecter et communiquer avec eux. Un soir, trois Yo-kai maléfiques, les Perfides, au service de la terrible Lady Perpetua, volent la montre de Nathan pour empêcher les humains et les Yo-kai de devenir amis. Accompagné de ses deux amis yo-kai, Jibanyan et Whisper, Nathan rencontre un chat yo-kai, Hovernyan, qui a tout juste le temps de lui expliquer que son grand-père décédé, Nathaniel, est le créateur de la yo-kai watch : ils sont attaqués et séparés par les Perfides. Nathan se rend chez sa grand-mère avec Jibanyan et Whisper et trouve Hovernyan coincé dans une cabane. Nathan réussit à le libérer et Hovernyan renvoie les trois amis soixante ans plus tôt. Nathan fait la connaissance de son grand-père Nathaniel, qui a alors le même âge que lui. Il le convainc de l'aider à combattre les Yo-kai maléfiques qui ont pris possession des habitants de son village et de continuer à développer la yo-kai watch. Mais Jibanyan se fait capturer par les Perfides. Nathan, Nathaniel, Hovernyan et Whisper découvrent le repère de Lady Perpetua. Nathaniel fait appel à tous les gentils Yo-kai qu'il a aidés dans le passé et, ensemble, ils réussissent à délivrer Jibanyan et à détruire l'horloge maléfique de Lady Perpetua. La yo-kai watch réapparaît et Nathan revient dans le présent.