La ville de Ninjago est en proie aux attaques incessantes de Garmadon, qui commande une armée depuis sa base volcanique. Son fils, Lloyd, 16 ans, subit en conséquence les brimades de ses camarades de classe. Lui et ses cinq amis se transforment en combattants très armés pour défendre la ville. Quand Garmadon attaque à nouveau, Lloyd s'empare de l'« arme ultime » que détient son mentor, Wu, pour neutraliser Garmadon. Avec cette arme, un laser, il attire un chat qui détruit Ninjago. Wu évoque une arme ultime ultime, au bout d'un voyage terrifiant. Les ninjas se mettent en route, suivis par Garmadon qui a découvert que le Ninja vert était son fils. Wu et Garmadon, qui sont frères, s'affrontent. Wu enferme Garmadon dans une cage, mais il tombe dans une rivière et les jeunes doivent continuer seuls. Les ninjas sympathisent peu à peu avec Garmadon, au désespoir de Lloyd. En prenant un raccourci, ils sont attaqués par tous les anciens généraux de Garmadon éjectés de son volcan. Garmadon et Lloyd sont capturés, mais grâce aux ninjas et en collaborant ils parviennent à s'échapper et à construire un véhicule volant, qui atterrit devant la maison d'enfance de Wu et Garmadon. Lloyd découvre que sa mère était une ninja, et Garmadon fait son mea culpa. Les jeunes ninjas découvrent qu'ils sont l'arme ultime. Ils retournent à Ninjago et affrontent le chat qui avale Garmadon, et le recrache quand celui-ci, ému par un discours de son fils, pleure des larmes de feu.