Washington, 1972. Mark Felt, numéro 2 du FBI, rencontre John Dean, conseiller juridique de la Maison Blanche : Mark affirme avoir accumulé trente ans d'informations pour J. Edgar Hoover. ì la mort soudaine de Hoover, Mark fait détruire les dossiers, dont il nie l'existence quand Patrick Gray, procureur général, les mande. Nixon nomme Gray directeur intérimaire du FBI. Des cambrioleurs sont arrêtés dans les locaux du Parti démocrate au Watergate : l'enquête fait transparaitre des liens avec la Maison Blanche. Mark annonce à Sandy Smith, journaliste du Times, que l'enquête est étouffée, et fournit au Washington Post des informations classifiées. Il tente de retrouver sa fille, Joan, disparue un an plus tôt. Mark découvre que Gray divulgue des informations à Nixon. Un attentat frappe le Pentagone : Mark autorise des perquisitions illégales contre des membres du Weather Underground. L'enquête sur l'affaire du Watergate est close, et Nixon blanchi. Mark réunit trente hommes pour continuer l'enquête et rencontre Bob Woodward, du Post, pour informer l'opinion. Nixon, réélu, écarte Mark. Ce dernier retrouve la trace de Joan. Soupçonné, il livre des informations à Sandy Smith. Lors d'une commission d'enquête, Gray implique Nixon. Mark et son épouse Audrey retrouvent Joan, qui est devenue mère. En 1973, Mark prend sa retraite. En 1974, Nixon démissionne. Quatre ans plus tard, Mark est poursuivi pour les enquêtes illégales qu'il a autorisées. Il annonce avoir été soupçonné d'être Deep Throat, sans le confirmer...