Dans un monde en ruines, les insurgés attaquent un train pour sauver Minho, prisonnier du WCKD, mais il n'est pas à bord. Thomas est décidé à aller chercher son ami dans la Dernière Ville. Malgré les mises en garde de Vince, Thomas, Newt et Fry partent en 4x4. Dans un tunnel, ils sont attaqués par des Fondus et sauvés in extremis par Brenda et Jorge et arrivent tous ensemble aux abords de la Dernière Ville, protégée par un immense mur. Le groupe est capturé par les hommes du rebelle Laurence, parmi lesquels Gally, ancien traître et membre du Labyrinthe, qui accepte de les aider. Il propose de se servir de Teresa, l'ex-petite amie de Thomas qui obéit désormais à Ava, la chef du WCKD. Les garçons, qui ont réussi à pénétrer dans la ville par les égouts, la capturent dans la rue. Grâce à elle, ils entrent dans le bâtiment du WCKD et libèrent les jeunes Immunes, mais Minho est dans une salle spéciale. Alors que Gally part chercher le sérum qui guérira Newt, contaminé, et que Brenda s'occupe d'évacuer les Immunes, Thomas et Newt, poursuivis par le cruel Janson, trouvent Minho et fuient avec lui. La ville a sombré dans le chaos, Newt s'effondre, infecté, et quand il se transforme en Fondu il se tue. Teresa convainc Thomas de revenir au QG du WCKD, d'où son sang pourra sauver la planète, mais sur place il est capturé par Janson, qui a tué Ava. Janson meurt, Teresa se sacrifie pour sauver Thomas.