L'éruption d'un volcan menace l'île où, après la destruction du parc, les dinosaures ont continué à vivre. Alors que la justice renonce à intervenir pour les secourir, Lockwood, qui avait initié le projet avec Hammond, demande à Claire Dearing, partisane de leur sauvegarde, de retourner sur Isla Nubar pour aider son équipe à déplacer les dinosaures dans un nouveau sanctuaire. Claire convainc Owen, comportementaliste animalier qui avait dressé les raptors, de l'accompagner, ainsi que Zia et Franklin.. Sur place, ils retrouvent des paramilitaires. Ils réactivent le pylône qui trace les puces des dinosaures et localisent Blue, le raptor, spécimen le plus recherché. Mais alors qu'Owen reprend contact avec Blue, les militaires le neutralisent et emmènent la créature. Le volcan se fait de plus en plus menaçant. Claire, Franklin et Owen échappent de justesse à son éruption. Sur la rive, ils s'introduisent dans le cargo qui transporte les dinosaures et retrouvent Zia, grâce à qui ils soignent Blue. Lockwood a été trompé par son assistant, Mills, qui déporte les animaux vers la propriété de son patron, où il organise une vente aux enchères. Il enferme les dinosaures, assassine Lockwood et retient captifs Claire et Owen, ainsi que Maisie, la petite-fille de Lockwood, qui a découvert le pot-aux-roses. Claire et Owen s'échappent, retrouvent Maisie, puis libèrent les dinosaures. Une nouvelle espèce, l'indoraptor, mange les méchants. Les dinosaures sèment la panique avant de rejoindre la forêt.