Désormais exploratrice, Vaiana trouve sur un îlot une poterie qui la convainc qu’il existe d’autres peuples. De retour sur Motunui, elle découvre la légende de Motufetu, une île sur laquelle se rassemblaient autrefois les hommes, et qui fut coulée par le dieu Nalo. Intronisée taotai - grande exploratrice -, Vaiana décide de partir à la recherche de Motufetu et recrute un équipage : Loto, Kele et Moni. Le bateau suit une comète jusqu’à ce que cette dernière explose. Ils sont attaqués par des Kakamoras, mais sympathisent quand ils découvrent qu’ils ont en réalité perdu leur île. Un Kakamora se joint à eux, malgré lui aspiré dans la gueule d’un gigantesque clam. L’équipage englouti se sépare. Au fond de l’océan, Kele, Loto et Moni rencontrent Maui, jusque-là prisonnier de Matangi - lequel essayait en vain de le convaincre de retrouver Vaiana -, qui se libère de ses chaînes et récupère son hameçon. Il s’inquiète pour Vaiana et va la sauver. Malgré les monstres, ils parviennent tous à se réfugier sur une petite île, où ils trouvent la pirogue - cassée - du Taotai Vasa, un ancien explorateur. Vaiana est désespérée, mais Maui et son équipage lui redonnent le moral et réparent le bateau, qui arrive jusqu’à la tempête provoquée par Nalo. Alors que le combat semble perdu, Vaiana plonge jusqu’à Motufetu et, avec la force de ses ancêtres, parvient à la faire resurgir. Elle lance un appel au large. Les bateaux affluent, les tribus se rencontrent enfin et les Kakamoras retrouvent leur île.