Depuis douze ans, le pays d’Oz vit sous la menace de la Méchante Sorcière de l’Ouest, et adule désormais Glinda. Fiyero apprend, sans plaisir, qu’il lui est fiancé. Devenue gouverneure, Nessarose garde Boq captif auprès d’elle. Les animaux fuient Oz. Alors qu’Elphaba est là, Boq demande à Nessarose de le laisser partir pour aller trouver Glinda. Nessa transforme Boq en homme de fer-blanc, puis accuse Elphaba. Celle-ci va trouver Glinda et le Magicien, et exige de laisser libres les animaux et les singes. Le Magicien accepte : les singes sont libres, mais Elphaba découvre dans un passage secret des dizaines d’animaux en cage, dont le professeur Dillamond. Elle les libère et fuit, rejointe par Fiyero. Pour l’attirer, Madame Morrible crée un cyclone. Une maison s’écrase sur Nessarose, qui meurt. Glinda et Elphaba se retrouvent là et se disputent. Elphaba est arrêtée, mais Fiyero se sacrifie à sa place. Elphaba lance des sortilèges pour lui épargner la douleur. Elle décide de devenir méchante… Dorothy, un lion, un homme de fer-blanc et un homme de paille partent trouver le magicien. Elphaba capture Dorothée pour lui prendre les souliers de Nessarose. Glinda la retrouve. Elphaba décide de se sacrifier à son tour, et laisse Dorothy la vaincre. Glinda oblige le Magicien à quitter Oz. Les animaux reviennent au pays. Fiyero, devenu l’homme de paille, retrouve Elphaba, et ils quittent Oz.