Dans un couvent du Canada, une jeune nonne accouche, seule, en pleine nuit, d'un enfant qu'on retrouve dans sa poubelle, mort étranglé. Qu'Agnès soit la meurtrière de son enfant ne fait pratiquement aucun doute. Mais avant que la justice ne se prononce, il faut savoir si Agnès, qui ne se souvient de rien, est psychologiquement responsable de ses actes. Le docteur Martha Livingston, psychiatre, est chargée de cette affaire. La première qu'elle rencontre est Mère Miriam, la supérieure du couvent, une femme solide, large d'esprit, qui protège Agnès. Martha rencontre ensuite Agnès dont la naïveté et la candeur l'étonnent : Agnès est une mystique dont la vie est faite d'extases. Au fil du temps, Martha est troublée par ces femmes du couvent, et son rationalisme en est ébranlé. Cependant, ses recherches progressent. Elle apprend que Mère Miriam a été mariée et a eu des enfants avant d'être religieuse. Elle apprend aussi qu'Agnès a eu une enfance malheureuse à cause de sa mère, la propre soeur de Miriam. Au cours d'une séance d'hypnose, Agnès saigne, brutalement stigmatisée, et revit le soir de l'accouchement. « Enceinte de Dieu », dit-elle, elle a fait disparaître cet enfant, une « erreur de Dieu ». Après le rapport de Martha, le tribunal déclare Agnès irresponsable.