Dans un endroit retiré de l'immeuble des Nations-Unies à New-York, toutes les souris de « S.O.S. Compagnie », réunies en assemblée générale extraordinaire, décident de porter secours à une petite fille, Penny, dont un message de détresse a été retrouvé dans une bouteille. La belle diplomate Bianca choisit le concierge du palais, Bernard, pour l'aider sans sa mission. L'enquête commence dans un orphelinat (où un vieux chat renseigne vaguement les deux souris) avant de se poursuivre dans un magasin de prêts sur gages, tenu par l'excentrique Mme Médusa dont la culpabilité ne fait bientôt plus aucun doute. Bianca et Bernard se rendent ensuite au Bayou du Diable, région déserte et marécageuse, grâce à un albatros-avion, Orville, qui les dépose non loin du repaire (un vieux bateau échoué) où Médusa et son complice Snoops retiennent Penny prisonnière. Une libellule hors-bord les conduit aussitôt aux abords du bateau dans lequel ils finissent par pénétrer malgré les deux terribles gardes-du-corps-crocodiles, Brutus et Néron. Penny leur apprend alors qu'elle doit rechercher un diamant au fond d'un étroit boyau pour prix de sa liberté. Bianca et Bernard parviennent à récupérer la pierre précieuse mais Médusa ne tient pas ses promesses et tous les animaux du marais doivent finalement se liguer pour permettre à Penny, Bianca et Bernard de triompher de leurs ennemis.