Damné par son maître il y a 6000 ans, le Roi Scorpion attend dans les limbes de relever les armées du dieu Anubis pour dévaster la Terre. Son bracelet, clé de son retour, est retrouvé par Rick et Evelyn O'Connell, dix ans après qu'ils ont affronté la momie du grand prêtre Imhotep. Alors qu'accompagnés de leur fils de 8 ans, Alex, ils retrouvent leur maison de Londres, Rick et Evelyn ignorent que la descendante de l'amante d'Imhotep, Meela, et les membres d'une secte mystérieuse ont retrouvé le corps du grand prêtre. Afin qu'Imhotep puisse s'approprier les armées du Roi Scorpion, la secte s'introduit chez les O'Connell. Ils y trouvent Rick, Evelyn et Alex, qui a mis le bracelet à son poignet, mais aussi l'oncle Jonathan et Ardeth Bay, chef militaire des Medja, venu les prévenir du danger. La secte ayant enlevé Alex, le groupe d'aventuriers se lance en chasse d'Imhotep et de son amante réincarnée. Sur le chemin, Evelyn et Alex se rendent compte qu'ils sont eux-mêmes des adversaires réincarnés d'Imhotep. Après avoir traversé de nombreux obstacles et déjoué les pièges du grand prêtre, ils se retrouvent tous à la pyramide du Roi Scorpion où, après un combat féroce, Rick tue le Roi, dont les armées affrontaient déjà les Medja. Vaincu et trahi par Meela, le grand prêtre Imhotep se laisse tomber dans les limbes.