Le magnat de l'armement McCullen finalise une commande de l'O.T.A.N. : des missiles chargés de nanorobots, capables de dévorer du métal en quelques secondes. Le convoi militaire qui doit livrer les missiles, commandé par Duke des Forces spéciales et son ami Ripcord, est attaqué par les hommes de la Baronne, que Duke connaît sous le nom d'Ana. Mise en déroute par une équipe de G.I. Joe, composée de Snake Eyes, Heavy Duty, Scarlett et Breaker, la Baronne s'enfuit sans les missiles. Duke et Ripcord, emmenés au Q.G. des G.I. Joe, rencontrent le général Hawk. Ce dernier, pour assurer la sécurité des missiles, accepte l'aide des deux soldats. Le groupe soupçonne McCullen d'avoir manigancé l'attaque : avec l'aide du Docteur, un scientifique de génie, et de Zartan, maître en déguisement, McCullen compte provoquer un chaos mondial en détruisant des grandes villes. Avec Storm Shadow, la Baronne attaque le Q.G. des G.I. Joe et vole les missiles. Ils se rendent à Paris, où ils détruisent la tour Eiffel et capturent Duke. Mais, dans la base sous-marine de McCullen, la Baronne se souvient de son passé, que le Docteur avait effacé : son amour pour Duke, la perte de son frère Rex... Elle libère Duke, mais le Docteur révèle alors qu'il est Rex, laissé pour mort... En avion, Ripcord neutralise les missiles restants, tandis que Snake Eyes tue Storm Shadow. Rex, autoproclamé Commandant Cobra, et un McCullen défiguré sont fait prisonniers. Zartan a pris la place du président des �0tats-Unis...