1949. Merrin, archéologue et ancien prêtre, accompagné du Père Francis, arrive en pays Turkana, au Kenya, pour effectuer des fouilles dans une église du Ve siècle. Il y est reçu par le Dr Sarah Novak, et Jefferies, un archéologue. Il sympathise avec un gamin, Joseph. Dans la basilique, il découvre la croix du Christ, pendue au plafond par sa base, et le sol jonché de dessins de démons. Merrin décide de rendre visite à Bession, l'auteur de ces croquis, interné à Nairobi. Ce dernier se suicide devant lui, après s'être gravé une svastika sur la poitrine. Le passé de Merrin remonte alors : il a quitté la prêtrise après avoir assisté, impuissant, à l'assassinat d'une petite fille par les nazis. A son retour, il apprend que Joseph est possédé par le démon et que les Turkanas le croient responsable de la mort du fils du chef. Mais en découvrant le cadavre crucifié de Jefferies, l'armée britannique, persuadée qu'il s'agit des Turkanas, barricade le site. Merrin découvre alors que c'est Sarah qui est possédée : elle a tué le Père Francis lors d'un rituel païen et s'est réfugiée dans les fondations de l'église avec Joseph. La foi retrouvée, Merrin libère Joseph et exorcise Sarah, qui en meurt. Pendant ce temps, Turkanas et Britanniques, pris de folie, s'entretuent. Le Père Merrin et Joseph émergent de l'église pour découvrir qu'il ne reste aucun survivant.