Menacés par la Compagnie des Indes, emmenée par Lord Cutler Beckett, les pirates n'ont plus qu'un seul espoir : réunir les neuf Seigneurs du Tribunal de la Confrérie. Mais pour cela, il faudra auparavant libérer l'un d'eux : Jack Sparrow, emprisonné dans l'antre de Davy Jones, dont seul, Sao Feng, le Seigneur de Singapour, détient les cartes d'accès. Barbossa, Elizabeth et Will s'en emparent. Arrivés non sans mal dans l'au-delà, ils retrouvent un Jack halluciné et démultiplié. Tout l'équipage prend la route vers le tribunal. Mais Sao Feng les arrête, et Elizabeth accepte de servir de monnaie d'échange. Le navire des Singapouriens est bientôt attaqué par Davy Jones. Sao Feng a juste le temps de faire d'Elizabeth son successeur. Grâce à Norrington, celle-ci réussit à échapper des mains de Beckett et retrouve les huit autres Seigneurs au Tribunal. Avec la voix de Sparrow, Elizabeth est élue reine et déclare la guerre à Beckett (ce qu'il avait convenu avec Jack). Barbossa libère Calypso, enfermée dans le corps de Tia Dalma, qui déclenche une terrible tempête. La bataille commence. Tout juste marié à Elizabeth, Will est touché. Pour le sauver, Sparrow lui cède le coeur de Davy Jones, dont il s'était emparé afin de s'offrir l'immortalité. Le Black Pearl de Jack et le Hollandais de Will vainquent Beckett. Barbossa et Jack n'en finiront pas de se disputer le Black Pearl. Un jour, tous les dix ans, Elizabeth attendra la visite de Will... en compagnie de leur fils.