En des temps reculés, les humains étaient en guerre contre les créatures magiques. En désespoir de cause, ces dernières créèrent les Légions d'or, avant de se raviser et de conclure une trêve. De nos jours, à New York, le prince Nuada reprend le premier morceau de la couronne qui lui permettra de réveiller les Légions. Hellboy, Abe et Liz sont chargés d'enquêter. Hellboy profite de cette sortie pour révéler son existence au monde. Les autorités nomment alors Johann Krauss, un ectoplasme, pour diriger l'unité. Nuada tue son père pour lui arracher son morceau de la couronne, mais sa soeur jumelle, Nuala, s'enfuit. L'investigation mène Hellboy et les siens au Marché des Trolls. Abe y rencontre Nuala, et tombe amoureux d'elle. Ils échappent à Nuada, et mettent Nuala à l'abri. Tandis que Liz ne parvient pas à avouer à Hellboy qu'elle est enceinte, Nuala, qui partage un lien magique avec son frère, cache le dernier morceau. Nuada retrouve sa trace et l'enlève, après avoir mortellement blessé Hellboy. Le groupe part en Irlande, où gisent les Légions. Ils y trouvent l'Ange de la mort, qui sauve Hellboy, non sans avoir averti Liz de sombres présages. Pour protéger Nuala, Abe donne le dernier morceau au Prince. Hellboy le défie alors en duel, et gagne. Tentant un coup bas, Nuada meurt : sa soeur s'est sacrifiée en se poignardant, le condamnant du même coup. Le monde sorti d'affaire, Hellboy, Liz et Abe démissionnent.