2977. La Terre est devenue un sanctuaire inviolable, protégé par la toute puissante confédération Gaïa. Le jeune Yama, frère d'Ezra, chef des armées de Gaïa, infiltre le vaisseau d'Albator, qui passe pour être un dangereux terroriste. Ce vaisseau, l'Arcadia, est doté d'un réacteur à matière noire, ce qui lui assure une quasi-invincibilité. Yama constate qu'Albator disperse des oscillateurs dimensionnels à travers la galaxie afin de détruire les noeuds du temps. Mais lors d'une mission périlleuse, Albator sauve la vie de Yama, qui le prend en affection. Yama découvre que la Terre a été détruite il y a un siècle par Albator, et que, rongé par les remords, ce dernier cherche désormais à distordre le continuum espace-temps afin de ramener la galaxie toute entière à une époque où la Terre était vivable. Ezra, constatant la trahison de Yama, décide de détruire à tout prix l'Arcadia, mais, malgré ses efforts, Albator gagne toutes les batailles et se prépare à mettre son plan à exécution. Yama décide de le trahir et de rallier son frère. C'est alors que Yama découvre que la végétation est en train de renaître sur Mars : l'espoir est donc permis. Il en fait part à Ezra, qui trahit à son tour la confédération, empêchant la destruction de la Terre et de l'Arcadia. Albator envoie un flux de matière noire sur la Terre, la rendant indestructible. Yama réintègre l'Arcadia et accepte de prendre la relève d'Albator, blessé pendant les combats. Il perpétuera son mythe