Pescia, Toscane, XVIIe siècle. L’abbesse du couvent des Théatines exige une dot de 100 écus pour accueillir Benedetta, 9 ans. La petite est vite remarquée pour son mysticisme. Dix-huit ans plus tard. Elle a des visions et se dit l’épouse de Jésus. Elle accueille la jeune Bartolomea, qui fuyait son père. Celle-ci la trouble par sa beauté et lui fait découvrir les plaisirs de la chair, ce qui lui provoque des visions terribles. Benedetta la punit en lui brûlant la main. Jésus la marque des stigmates et lui permet d’aimer Bartolomea. Christina, la fille de l’abbesse, l’accuse d’avoir elle-même provoqué ses stigmates. En vain. Benedetta remplace l’abbesse, qui devient Sœur Felicita. Christina est punie et se jette du toit de l’église. Felicita espionne les amantes - jouissant avec une statue de la Vierge convertie en godemichet - et va à Florence les dénoncer auprès du nonce, alors que sévit la peste noire. Comprenant le danger, Benedetta demande à la garde de confiner Pescia pour la protéger de la peste, mais le nonce exige d’entrer dans la ville. Le procès a lieu. Bartolomea, torturée, montre la cachette du godemichet. Alors que Benedetta est conduite au bûcher, elle déclenche la révolte populaire. Le nonce, atteint de la peste, est poignardé. Après une nuit d’amour hors de la ville, Bartolomea ne parvient pas à faire avouer à Benedetta la supercherie de ses stigmates. Benedetta retourne seule dans la ville. Elle restera encore trente-cinq ans dans son couvent, emprisonnée.