Sur une planète lointaine, Knull, dieu du Vide et créateur des symbiotes, a été trahi et enfermé par ceux-ci. Seul le Codex pourra le libérer. Il envoie ses Xénophages le chercher partout dans l’univers. Libre, il anéantira planètes et galaxies. Sur Terre, Eddie est recherché. Il est soupçonné d’avoir tué l’inspecteur Mulligan. À New York, Venom apparaît pour défendre Eddie contre des gangsters. Un Xénophage perçoit Venom et suit sa trace. En plein désert, dans la Zone 51, le docteur Payne étudie les symbiotes retrouvés sur Terre. Elle a sauvé Mulligan en le fusionnant avec un symbiote. Celui-ci explique la menace de Knull et des Xénophages à Payne et au général Strickland, responsable de la Zone 51. Accroché à un avion, Eddie affronte le Xénophage et tombe en parachute dans le désert. Venom dit à Eddie qu’il possède le Codex, qui ne se révèle que lorsque Eddie et lui fusionnent. Le général Strickland et ses hommes repèrent Eddie/Venom, le capturent et l’emmènent dans la Zone 51. Strickland veut tuer Eddie, pour détruire le Codex. Le Xénophage attaque. Sadie, collaboratrice de Payne, libère les symbiotes, qui fusionnent avec des employés de la Zone, y compris Sadie, puis Payne. Ils affrontent le Xénophage. D’autres Xénophages arrivent. Venom les absorbe tous, expulse Eddie, et se jette dans de l’acide où il se désagrège avec les Xénophages. Plus tard, on informe Eddie que toutes les charges pesant sur lui sont effacées. Eddie pense à Venom, son ami disparu.