Année 2029. Ville de Newport City. L'informatique règne sur toute la société et une nouvelle criminalité ultrasophistiquée a fait son apparition. Face à elle, la police s'est donnée de nouveaux moyens pour faire régner l'ordre. Cyborg féminin au corps d'acier et de de titane, le major Kusanagi flanquée de son adjoint Batou se voit confier une mission particulièrement délicate : neutraliser le "Puppet Master", redoutable pirate informatique. Celui-ci tente de s'introduire dans le cyber-cerveau d'une traductrice afin de la pousser à assassiner des hommes politiques importants impliqués dans des tractations de demande d'asile du président déchu de la République voisine de Gabel. Kusanagi et Batou parviennent à stopper le piratage à temps mais, après une longue poursuite dans la ville, ils ne neutralisent que des victimes manipulées par le Puppet Master. Ce dernier se laisse finalement capturer dans un corps de femme cybernétique récupéré par la section 9 pour laquelle travaille Kusanagi. Celle-ci apprend que le "Puppet Master" fait partie du plan 2501 conçu par le Ministère des Affaires Etrangères aux seules fins de racket international. Au cours de son errance dans les réseaux informatiques, il a acquis un "ghost", âme virtuelle qui lui a donné une conscience propre. Tandis que Kusanagi en vient à se poser des questions sur sa propre existence et sa part d'humanité, le "Puppet Master" lui propose de fusionner avant l'arrivée des troupes héliportées du Ministère des Affaires Étrangères. Le "Puppet Master" et Kusanagi sont finalement détruits mais la fusion s'est opérée et c'est sous l'apparence d'une petite fille que les deux créatures entameront une nouvelle existence.