La souris Brisby, veuve de Jonathan, vit avec ses enfants dans le champ du fermier Fitzgibbon. Mais l'heure est à l'émoi puisque ce dernier a décidé de labourer et qu'il menace directement l'habitation des animaux. Impossible pourtant de déménager dans l'immédiat puisque le petit Timothy, le cadet des souriceaux, est atteint d'une pneumonie aiguë et ne peut donc sortir. Brisby, aidée par Tante Musaraigne, parvient à mettre en panne le tracteur, mais cela ne résoud pas le problème. Aussi se rend-elle chez le Grand Hibou, accompagné par Jeremy, un corbeau naïf et maladroit particulièrement coopératif. De la bouche même du maître de la nuit, elle reçoit le conseil d'aller demander aide et assistance aux rats qui vivent sous le rosier. Commence alors pour elle une aventure qui va lui faire découvrir une réalité bien étrange à propos des rongeurs : rescapés du laboratoire de NIMH, qu'ils réussirent à quitter grâce à l'aide de Jonathan, ils ont acquis une grande intelligence consécutivement à une expérience secrète tentée sur eux. Organisés en une société quasi-humaine, ils connaissent les dissensions politiques et s'opposent en deux groupes rivaux. Cette opposition fondamentale n'aidera pas à solutionner le problème de Brisby qui parviendra pourtant à déplacer sa « maison » grâce à un pendentif magique dont le pouvoir n'est directement « utilisable » que par les êtres ayant fait preuve du plus grand courage. Au terme de l'histoire, la Sagesse et le Bien triompheront.