Quand une éprouvette est brisée dans le Hive, les laboratoires souterrains d'Umbrella Corporation, le système de sécurité se déclenche pour contenir le virus ; les employés périssent. Dans un manoir, Alice se réveille amnésique et rencontre un commando missionné pour désactiver la Red Queen, l'intelligence artificielle responsable du massacre. Ensemble, ils pénètrent le Hive par les sous-sols du manoir. Au cours de l'expédition, la Red Queen active ses défenses. Malgré de lourdes pertes, ils parviennent à la désactiver. Les portes laissent alors surgir les employés devenus morts-vivants. L'assaut repoussé, Alice recouvre la mémoire ; alors qu'elle voulait dévoiler qu'Umbrella désirait propager le virus, elle a été doublée par Spencer qui l'a déclenché pour détruire toute preuve et s'est enfui avec les antidotes. Alice le tue, récupère l'antivirus et retourne au manoir où elle est saisie par des scientifiques d'Umbrella qui décident d'ouvrir le Hive. Alice se réveille, sort dans la rue et découvre une ville en ruines.