Dix ans sont passés depuis que Kôji Kabuto, aux commandes du super robot Mazinger Z, créé par son grand-père, a ramené la paix en combattant l'Empire des Ténèbres et le maléfique Dr Hell. Aujourd'hui, Kôji Kabuto n'est plus pilote, il a pris le chemin de son père et grand-père en devenant scientifique. Sayaka Yumi, quant à elle, est la directrice du l'Institut Photonique, tandis que Tetsuya Tsurugi est resté pilote au sein de l'armée, tout comme Shiro, le petit frère du Koji. A l'occasion de ses recherches, il découvre une structure gigantesque profondément enterrée sous le mont Fuji. Il détecte de mystérieux signes de vie. Il s'ensuit de nouvelles rencontres, de nouvelles menaces et bientôt, un nouveau destin pour l'humanité. Kôji Kabuto doit prendre une décision pour l'avenir : Dieu ou Démon, il lui faut choisir. Une nouvelle fois, c'est à Mazinger Z que revient la lourde charge de sauver le monde.