Vaincu à l'issu du Mortal Kombat par Liu Kang et ses amis Sonya Blade, Jax, Jade et Kitana avec l'aide précieuse de Rayden, dieu du Tonnerre et des Eclairs, Shao Kahn, l'empereur d'Outre Monde, a rompu le pacte sacré et, à la tête d'une nouvelle armée maléfique, s'apprête à détruire la Terre. Liu Kang ne dispose que de 6 jours pour éviter la fusion des deux mondes. Après le kidnapping de la princesse Kitana par Scorpio, âme damnée de Shao Kahn, Liu Kang va chercher de l'aide auprès de l'indien Nightwolf tandis que Rayden renonce à son immortalité pour aider ses amis. Trahis par Jade, Liu Kang et ses amis, libèrent Kitana et déjouent les pièges tendus par Shao Kang et affrontent son armée dans une suite de combats spectaculaires. Rayden découvre que Shao Khan n'est autre que son frère et succombe mais les forces du Bien finissent par triompher et Shao Khan est définitivement vaincu. Rayden rejoint, lui, les Grands Anciens...