Jesse, le meilleur ami de Willy, a été engagé comme assistant de recherches sur le Noah, un navire-laboratoire de biologie marine à bord duquel se trouvent son mentor Randolph, un écologiste indien et Drew, une scientifique. Mission : localiser les cétacés et les munir d'un appareil afin de découvir les raisons de leur dépeuplement. Ils vont rapidement se heurter à une bande de braconniers qui, enfreignant les lois de protection des baleines, n'hésitent pas à tuer ces dernières pour leur huile et leur viande qu'ils vendent aux japonais. Parmi eux John Wesley qui appartient à l'ancienne génération de chasseurs de baleines et son fils Max qui participe pour la première fois à une campagne de pêche et découvre avec horreur les réalités sanglantes. Max rejoint le Noah et se lie d'amitié avec Jesse qui le prend sous sa protection. Aidés de leurs amis ils déjoueront les plans des braconniers et sauveront, une fois de plus Willy et les siens...