L'orphelinat du docteur Korczak rejoint le ghetto de Varsovie, malgré l'ancienne adjointe du docteur Maryna. Stefa, elle, quitte la Palestine pour les rejoindre. Le docteur consacre son temps et ses forces à la recherche de nourriture et d'argent, harcelant le chef du Judenrat, Czerniakow, relançant les trafiquants et tenant tête aux SS en refusant de porter le brassard juif. Il accueille Szloma, s'occupe d'un autre orphelinat et réconforte Josef, abandonné par son amie aryenne Ewka, et secouru par Natka, tout en s'efforçant de retrouver Esterka, déportée loin des enfants et de son fiancé Heniek. L'essentiel pour lui est de maintenir la vie de l'orphelinat, sans se faire d'illusions sur la fin que leur préparent les nazis. Il les précède dans le camion puis dans le train qui les emmène à Treblinka.