Jake Fratelli s'évade de prison avec la complicité de son frère Francis et de leur mère. Chez Mikey et Brand Walsh, on s'ennuie. Leur maison des Goon Docks va être saisie ; c'est bel et bien le dernier week-end des Goonies. Ils sont quatre adolescents ; Mikey, Chunk, dit Choco, Mouth et Data. Dans le grenier des Walsh, ils trouvent une carte au trésor dessinée par le pirate Willy-le-borgne. Pas d'hésitation : retrouver le trésor pour empêcher la saisie. En suivant le plan, ils échouent dans un restaurant sur la côte, délabré maïs habité par le trio Pratelli qui trimbale des corps ou chante quelque opérette. Pas grand chose dans la tête, à l'image de Chinoque, « animal Fratelli », troisième fils hideux mais tendre, enchaîné dans une cave. Les Goonies trouvent l'entrée d'un tunnel. Brand les rejoint avec Andy et Stef, lancées bien malgré elles dans l'aventure. Choco, gourmand impénitent, est surpris par les Fratelli. Il passe aux aveux ; on l'enferme avec Chinoque. Pendant ce temps, les Goonies visitent des souterrains, inversent la pression d'une tuyauterie, mettent en branle des machines à tuer, déjouent les pièges de Willy, parviennent dans un puits à souhaits après avoir dérangé une horde de chauves-souris. Ils sont suivis par les Fratelli qui ont compris l'intérêt de la situation. A leurs trousses : Choco qui a téléphoné à la police et un Chinoque apprivoisé, bonbons aidant. Andy passe l'épreuve du sésame : les accords joués sur un orgue-squelette ouvrent le passage vers une mer souterraine. Le vaisseau fantôme est là, avec le trésor de Willy. Ils se remplissent les poches, émerveillés, quand arrivent les Fratelli qui raflent bijoux et rubis. Grâce à Chinoque, les Goonies s'enfuient et rejoignent la côte où la police enquêtait. Les parents recueillent les aventuriers sains et saufs. On trouve une pierre précieuse miraculeusement conservée par Mikey, Les Goon Docks sont sauvés, les Fratelli arrêtés. Le vaisseau pirate s'échappe sur l'océan.