Martin Quarrier, missionnaire protestant, s'installe dans la forêt amazonienne avec sa femme, Hazel, et leur jeune fils, afin d'évangéliser les Indiens Niarunas. Ils sont conseillés par un autre missionnaire, l'autoritaire Leslie Huben, qui déteste les indigènes. Pendant ce temps, l'aventurier Lewis Moon est chargé de bombarder les Niarunas par le commandant Guzman, qui convoite leurs terres. Marqué par son passé d'Indien nord-américain, Moon, pris de scrupules, saute en parachute et s'installe dans la tribu qui le considère comme un dieu. Quarrier parvient à sympathiser avec les Indiens. Son fils meurt alors de la fièvre jaune et sa femme sombre dans la folie. Les Niarunas considèrent qu'Huben est le responsable de la mort de Billy et tentent de le tuer. Il s'enfuit tandis que Martin continue à essayer d'amadouer les Indiens, Moon revoit la charmante épouse d'Huben, Andy, qui lui donne la grippe. Le virus s'étend chez les Niarunas qui sont rapidement décimés. C'est alors qu'Huben, jaloux de l'attirance de sa femme pour Moon, envoie les hommes de Guzman massacrer les Indiens. Venu les avertir, Quarrier est tué par son guide niaruna, le seul que les missionnaires étaient parvenus à évangéliser.