Beethoven a trouvé toute sa place dans la famille Newton ("Beethoven l") et, en ce tendre cocon, atteint rapidement et harmonieusement l'âge des émois amoureux. La providence attentive met alors sur sa route une gracieuse bernadine. Missy, promenée par un maître aux allures de chien battu. Celui-ci est harcelé par sa femme divorcée, Regina, qui veut des dollars et s'approprie Missy, en otage. Beethoven ne s'en laisse pas compter, séduit sa conquête et bientôt celle-ci attend un heureux événement. Que faire ? Tous deux trouvent dans la cave de l'immeuble de la mégère un refuge et Missy met au monde quatre adorables rejetons. Les enfants Newton, intrigués par les promenades clandestines de leur protégé, découvrent le pot aux roses et, poursuivis par Regina, parviennent à récupérer et à cacher chez eux, à l'insu de leurs parents, les petits menacés. Pas bien longtemps on s'en doute, car ce petit monde est remuant. Commence alors une lutte secrète et sévère entre Regina qui séquestre Missy et veut récupérer ses fils, pour les vendre, et la famille Newton. Ils parviennent à déjouer ses coups bas, mais hélas, au cours de vacances qui inopinément les rapprochent, Regina et son ami, repèrent les petits et utilisant l'instinct maternel de Missy, les acculent dans la montagne. Beethoven vengeur, suivi de toute la famille, est bientôt sur leurs traces et dans un combat épique disqualifie les ravisseurs. De retour à la maison, les "périls", qui prennent consciencieusement poids et volume, entourent leur géniteur comblé. Les visites fréquentes de Missy, que le mari frustré a pu légalement récupérer, met à son comble l'exubérance cataclysmique de la maisonnée.